Die Organisation ist eine Verbrechergemeinschaft, deren Ziele noch unbekannt sind. Sie sind skrupellos und schrecken vor nichts zurück. Haben sie ein Ziel vor Augen, setzen sie alles daran, es zu verwirklichen. Alle Mitglieder der Organisation haben Alkoholsorten als Decknamen und sind immer schwarz gekleidet. Während die männlichen Mitglieder Namen von hochprozentigen Getränken tragen, werden die weiblichen nach Weinen oder Weinmischgetränken benannt.
In der Serie übernimmt die Organisation eine zentrale Rolle: Gin, eines der ranghöchsten Mitglieder der Organisation, trägt die Verantwortung dafür, dass Shinichi geschrumpft ist und sich als Conan ausgeben muss, da der Verbrecher diesem ein Gift eingeflöst hat, um den lästigen Schnüffler loszuwerden. Dass es Shinichi nicht töten würde, konnte er nicht ahnen.
Im Verlauf der Serie tritt die Organisation immer wieder in den Vordergrund, wobei die Handlungsstränge vor allem Rund um die Mitglieder Gin, Sherry, Vermouth und Kir immer weiter ausgebaut werden.
Ein zentrales Anliegen der Organisation ist zweifellos die Forschungsarbeit am APTX 4869, das von Sherrys Eltern entwickelt und von ihrer Tochter vollendet worden ist. Über weitere Ziele ist dagegen nichts bekannt.
Korn ist genau wie Chianti ein Scharfschütze. Er hasst Vermouth auch dafür, dass Calvados sein Leben lassen musste.
Kir
plante einen Anschlag auf einen Politiker, verunglückte jedoch und wurde vom FBI in einem Krankenhaus versteckt. Sie kam wieder in die Organisation und ist beim CIA.
Auf einer der letzten Seiten des 49. Manga-Bandes gab es eine Seite mit allen bisher bekannten Mitgliedern des Organisation im Überblick.
Die mysteriöse Organisation
Aber Achtung! Neben der schwarzen Organisation gibt es noch eine weitere Organisation, die oft als "Mysteriöse Organisation" bezeichnet wird. Die mysteriöse Organisation sucht nach einem Edelstein namens Pandora, mit dessen Hilfe man angeblich unsterblich werden kann. Snake ist Mitglied der mysteriösen Organisation. Die mysteriöse Organisation brachte den ersten Kaito Kid, Toichi Kuroba, um und ist nun hinter Kaito Kuroba, dem zweiten Kaito Kid, her.